Pero la desecación no ha sido el último y definitivo impacto que se ha realizado contra la laguna de la Janda, hay muchos más y están ocurriendo ahora mismo. Los numerosos tendidos eléctricos o los parques eólicos que están inundando la laguna constituyen una trampa mortal para muchas aves protegidas. Las infraestructuras creadas a través de carreteras y numerosos carriles para agricultura y caza constituyen otra serie amenaza.

La agricultura intensiva con un uso abusivo y peligroso de herbicidas, fertilizantes y pesticidas, sobre todo, con la utilización de avionetas es otro peligro acuciante y real. A eso hay que unirle la destrucción de los hábitats naturales de humedales y bosques por monocultivos o la caza y captura de aves migratorias que perjudican a los cotos intensivos y especies que su caza aporta dinero como la perdiz o el faisán. Los ecologistas también señalan que en determinadas zonas la carga ganadera es excesiva, advierten del peligro del trazado de la autovía Cádiz-Barcelona y solicitan controlar la caza menor. Pero quizás el mayor peligro medioambiental que tiene la laguna de la Janda es la indiferencia con la que es tratada por la administración y una gran parte de la población. Como dice Begoña Martínez:
“A pesar de estar reconocida como espacio
prioritario a proteger por parte de las autoridades internacionales, a pesar  de que Birdlife
International haya incluido a la
Janda
en su lista de áreas importantes para las aves (IBA’s) en
España (Área nº 257
) y estar declarada Área Importante para las Aves (IBA’s), no se ha
incluido aún en la Red
de Espacios Protegidos de Andalucía, La Janda
carece hoy en día de figuras legales de protección por parte de las
administraciones competentes
ni ha sido declarada Zona de Especial
Protección para las Aves (ZEPA)”.




Pese a la destrucción sufrida por la Janda y los peligros actuales
tenemos que reconocer que el patrimonio que alberga todavía es muy importante. Empezaré
resaltando el patrimonio cultural que se ha ido formando desde el paleolítico
hasta la actualidad, con especial mención a la prehistoria, como ya he
comentado. También hay que reseñar las inmejorables vistas que pueden
disfrutarse desde los miradores naturales que constituyen las mesas, que
circundan el humedal. Pero lo más sobresaliente son los valores naturales que
todavía quedan. En la actualidad, la depresión de la Janda constituye una gran
superficie dedicada fundamentalmente a la agricultura en la que predominan los
cultivos de arroz, remolacha, leguminosas y cereales y en menor grado
pastizales en los que se alimentan ganaderías de razas brava y retinta. Estos
campos, rodeados de dehesas y sierras cubiertas de alcornocales, acebuchales,
pastizales y matorral mediterráneo de gran valor ecológico, están cruzados por
una serie de canales de desagüe y viejos cauces naturales en los que se
mantiene agua y vegetación lacustre toda o gran parte del año constituyendo
estos escasos retazos lo único que resta del antaño gran humedal. 



Pese a las
destrucciones sufridas y los peligros actuales, desde el punto de vista
ornitólogo sigue siendo una zona de gran importancia. Ya que alberga importantes poblaciones de especies de aves amenazadas tanto
residentes como migratorias que encuentran refugio y alimento en los escasos
retazos del humedal que aún persisten y en los sistemas agrícolas y forestales
que hay en la zona.  Así, y tan solo a
modo de ejemplo, diré que invernan aquí cada año alrededor de 2000 grullas,
vuelan por aquí media docena de juveniles de águila imperial ibérica, subsiste
la población de avutardas y sisones más meridional de Europa, descansan
centenares de cigüeñas negras y miles de cigüeñas blancas, rapaces y se
reproducen millares de anátidas, ardeidas y otras aves acuáticas.
A
pesar de todo, La Janda
sigue siendo un lugar sumamente interesante para el turismo ornitológico, tanto
para los más expertos como para los menos, gracias al elevado número de
ejemplares que se pueden llegar a observar en un solo día. 
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