Si en las sierras próximas la riqueza ecológica es tan amplia que habían existido especies como lobos y osos, en la Janda el protagonismo se lo van a llevar las aves. La importancia ornitológica de la laguna de la Janda se debe a varios factores. En primer lugar a su situación geoestratégica a mitad de camino entre Europa y África pudiendo servir de área de descanso en las migraciones pre y postnupciales para muchas aves. En segundo lugar, se trataba de un humedal muy amplio y diverso por lo que tenía muchas posibilidades del albergar a una gran cantidad y variedad de aves. En tercer lugar, al estar rodeado de acebuchales y alcornocales en roquedos y montañas aumentan las condiciones de atraer a aves y rapaces.
La grulla es una especie de mito en la Janda, ha sido la más importante de todas las aves, en la actualidad aunque suele haberlas en invierno ya no son nidificantes, ya no crían aquí. En España es ahora especie invernante únicamente.
Las lagunas contenían una alta diversidad de aves nidificantes y había muchas especies raras, incluyendo algunas que ya están extinguidas. En invierno a la Janda llegaban grandes bandos de aves acuáticas. Además, el buitre negro, el águila imperial y el cuervo criaban en las proximidades de la laguna. La lechuza mora, hoy exclusivamente norteafricana también era residente en la Janda. En las proximidades de la laguna se podían ver (y se puede) al aguilucho cenizo, la avutarda, el sisón, la codorniz, el alcaraván, alaudidos y trigueros. El torillo criaba en zonas de palmitos. Los alcornocales y dehesas albergaban ricas comunidades de paseriformes: rapaces de las sierras y bosques cercanos cazaban sobre la marisma (aguila perdicera, águila calzada, águila culebrera, buho real, lechuza común).
Dice Mario Mosquera: “El mayor valor de la Janda eran sus aves nidificantes únicas (e.j. grulla y morito), poblaciones reproductoras sustanciales de otras especies (e.j. fumarel cariblanco, garza imperial, calamón, focha cornuda, porrón pardo), y poblaciones grandes invernantes (e.j. ánsar común, ánade silbón, agachadiza) y migradoras por su proximidad al Estrecho».
La riqueza faunística de la zona era aprovechada por los viajeros, principalmente ingleses que desde el siglo XIX se aficionaron a venir por el entorno, por la aristrocracia y las clases altas, desde Alfonso XI hasta la actualidad y por los habitantes de la zona que utilizaban la caza de la misma forma depredadora que los hombres del paleolítico. En esta hermosa fotografía de la derecha aparecen Diego González Ruiz (delante) y Antonio Pachocha (detrás) cazando aves para la cena. Ellos pertenecían a la cuadrilla que segaba castañuela y que vendían a un empresario jerezano. Se quedaban en la laguna toda la temporada de agosto y septiembre y sólo cada quince días iban a casa a cambiarse y asearse (ir de limpia).
